Dear Callum,
thank you for taking care. Meanwhile I have a few more details. Enclosed information as good as I can provide:
A1. Workflow (Original German)
>Datei >Öffnen "test.jpg"
>Datei >Speichern unter "test.afphoto"
Rechteck auswählen
>Bearbeiten >Ausschneiden (Ctrl-X)
Rechteck wieder einfühgen
>Bearbeiten >Einfügen (Ctrl-V)
Export
>Datei >Exportieren (Select PDF) >Exportieren
Fehler
>Mit Acrobat Pro DC öffnen, Version 20015.006.30498
>PDF mit Rand um den ausgeschnittenen Bereich, siehe "test.png"
Workaround
>Ausdruck auf Papier erscheint ohne Markierungen "ok"
>Öffnen mit Microsoft Edge erscheint ohne Markierungen "ok"
A2. Workflow (Closest Translation)
>File >Open "test.jpg"
>File >Save as "test.afphoto"
Select rectangle
>Edit >Cut (Ctrl-X)
Re-insert rectangle
>Edit >Paste (Ctrl-V)
Export
>File >Export (Select PDF) >Export "test.pdf"
Error
>Open with Acrobat Pro DC, Version 20015.006.30498
>PDF with markings around cut/insert area, see "test.png"
Workaround
>Paper hardcopy appears without markings "ok"
>Open/View with Microsoft Edge without markings "ok"
test.afphoto
test.pdf